Foi 2.º visconde de Vila Nova de Cerveira.
Filho primogénito de Leonel de Lima e de Filipa da Cunha, marcou, tal como seu pai, presença na corte régia, sendo referido como vassalo do rei desde 1459, fidalgo da Casa real e membro do seu Conselho desde 1471. A proximidade ao rei e a confiança que tinha na sua lealdade confirmam-se pela sua nomeação para guarda-mor de D. João II a 16 de abril de 1482 e pela ocupação do cargo de governador da Casa da princesa D. Joana, irmã do monarca.
Durante o reinado de Afonso V e em vida de seu pai, acompanhou-o em momentos importantes como na conquista de Alcácer Ceguer, em 1458, e aí permaneceu e prestou serviço até 1462. É neste período, em 1461, que recebe os direitos das rendas de Ponte de Lima e, nos anos seguintes, é agraciado com várias doações régias, nomeadamente uma tença de 30 000 reais brancos em 1469 e outra de 51 432 reais brancos em 1470. Em 1476, participa com Leonel de Lima na batalha de Toro. Nesse mesmo ano, o pai recebe o título de visconde e o tratamento por Dom, esta última mercê é estendida a João de Lima por ser o primogénito. Em 1475, já havia recebido de D. Afonso V a doação vitalícia da vila de Vila Nova de Cerveira, com todos os direitos e rendas devidos à Coroa, que se efetivaria após a morte de D. Leonel, e o mesmo em relação ao reguengo de Ponte de Lima com todas as suas rendas e direitos.
Casou-se com D. Catarina de Ataíde, filha de Gonçalo de Ataíde e de Isabel de Brito, donzela da Casa da infanta D. Joana. O monarca aprovou o contrato de casamento a 9 de setembro de 1472, no entanto o enlace ocorreu antes desta data. Como dote de casamento, D. João de Lima recebeu, além de 3000 coroas de ouro para a compra de bens de raiz, a administração do morgadio de Gaião no termo de Santarém. Deste primeiro casamento teve Fernando de Lima que morreu moço, Francisco de Lima que foi o sucessor da Casa, Simão de Lima que foi frade e Diogo de Lima, capitão na Índia.
Casou-se segunda vez, antes de 6 de julho de 1494, com Isabel de Melo, filha de Martim Afonso de Melo, senhor de Melo. Dela teve apenas uma filha, Beatriz de Lima. Teve ainda outra filha ilegítima, Isabel de Lima, fruto de um relacionamento com Catarina de Melo, filha de Vasco Martins de Melo, alcaide-mor de Évora.
Falecido seu pai em abril de 1495, obteve, a 27 de abril de 1496, carta de confirmação do título de visconde de Vila Nova de Cerveira, e, associado ao título, passou a receber a tença de 50 000 reais brancos. Sucedeu a seu pai também na alcaidaria-mor de Ponte de Lima e como donatário da vila de Vila Nova de Cerveira e das terras de Fraião, Coura, S. Martinho, Santo Estêvão, Geraz, Valdevez, de Beiral de Lima, da casa de Giela com todas as suas pertenças e das devesas de Ponte de Lima. Recebeu cartas de confirmação de D. Manuel I em 1496 e em 1497, renovadas em 1501.
Terá falecido entre 1507 e o início de 1508, pois, a 17 de abril desse ano, seu filho D. Francisco recebe carta de mercê do título de visconde de Vila Nova de Cerveira.

Fernão Eanes de Lima, pertencente à linhagem ou grupo parental dos Limas, originário da Galiza, fixou-se no reino português, no final do século XIV, tendo sido compensado pelo apoio prestado a D. João I com um conjunto de bens e jurisdições na região minhota. Contraiu matrimónio com uma senhora linhagem dos Silva, D. Teresa da Silva, e assegurou a transmissão dos bens que recebeu de juro e herdade a seu filho Álvaro Rodrigues de Lima, que faleceu antes de 1429, sem descendência. Sucedeu-lhe o irmão, Leonel de Lima, que recebeu o título de visconde de Vila Nova de Cerveira, em 1476. A continuidade desta família/Casa foi assegurada pela transmissão do título e de mais bens da Coroa nos quais foram sucedendo os primogénitos varões até à morte do visconde D. Francisco de Lima, em 1578.